Vid misstanke om fågelinfluensa är det viktigt att snabbt förhindra vidare smittspridning genom att stoppa samtliga indirekta och direkta kontakter med andra fjäderfän, eftersom sjukdomen är mycket smittsam. Berörda myndigheter måste kontaktas för att hjälpa till att utreda misstanken, och om misstanken konfirmeras, påbörja bekämpningen.

Inom EU styrs bekämpningen av fågelinfluensa, både mild och aggressiv form, av ett EU-direktiv (2005/94/EG). I det framgår vilka åtgärder som ska införas i drabbade besättningar, misstänkta besättningar, vilka restriktioner som ska genomföras i olika upprättade restriktionsområden samt hur sanering etc. ska genomföras. Högpatogen aviär influensa bekämpas genom att samtliga djur i smittade flockar avlivas (sk stamping out) samt genom att restriktioner gällande förflyttningar av fjäderfän och deras produkter etc. i särskilda områden införs.
Läs mer på Jordbruksverket del II kap3 Bekämpningsplan Aviär influensa

Vaccinering av fjäderfän är inte tillåten inom EU utan särskilt tillstånd. Sedan våren 2006 har dock särskilt värdefulla fåglar vaccinerats i vissa djurparker i Sverige och i ett fåtal andra EU-länder. Syftet var att skydda känsliga arter från det influensavirus (H5N1) som påvisades hos vilda fåglar i EU samma tidsperiod. Eftersom vaccinerade fåglar kan infekteras och även utsöndra virus utan att själva insjukna kan det vara svårt att upptäcka smittade vaccinerade djur i tid. Italien har under olika perioder vaccinerat delar av fjäderfäpopulationen på grund av cirkulerande lågpatogena influensavirus.

För att förhindra att smitta drabbar det svenska lantbruket rekommenderar Jordbruksverket att personer som varit i kontakt med fjäderfän eller andra fåglar i områden med utbrott av fågelinfluensa inte bör besöka svenska fjäderfäbesättningar de närmsta dagarna efter hemkomsten. Aviär influensa hos fåglar omfattas av epizootilagen.

För att förebygga smitta från vilda fåglar till tamfjäderfän finns krav på olika grad av biosäkerhetsåtgärder i besättningar med fjäderfän eller andra fåglar i fångenskap. Skyddsnivån är beroende på den aktuella risken för aviär influensa i hela eller delar av Sverige. Vid låg risk gäller skyddsnivå 1 (den lägsta av tre) tills annat beslutas.

Dessa regler gäller för alla tamfåglar oavsett skyddsnivå:

• Fjäderfä och andra fåglar i fångenskap ska hållas åtskilda om de hålls på samma anläggning.
• Vilda fåglar som tillfälligt hålls på en anläggning ska hållas åtskilda från fjäderfä och andra fåglar.
• Djurhållaren ska upprätthålla goda skötselrutiner och förebyggande smittskyddsåtgärder för att minska risken för att fågelinfluensa kommer in i anläggningen.

 
Dessa regler gäller för alla fjäderfä oavsett skyddsnivå:

• Fjäderfä får bara ges dricksvatten som kommer från borrad eller grävd brunn eller annat vatten som är godkänt som livsmedel.
• Andfåglar, som ankor, gäss och änder ska hållas åtskilda från övrigt fjäderfä på en anläggning, eftersom smittade andfåglar kan fungera som symptomfria överförare av virus.

 
För nivå 1 tillkommer följande regler:

• Fjäderfä får gå utomhus i inhägnad. Foder och dricksvatten ska ges inne eller under ett skydd utomhus.
• Hägnat fjädervilt får hållas utomhus i inhägnader, men under perioden oktober till maj måste inhägnaden, där andfåglar hålls vara övertäckt med nät. Vilda änder får inte tas in.
• Andra fåglar i fångenskap inklusive hobbyflockar får gå ute helt fritt. Foder och dricksvatten ska ges inomhus eller under ett skydd som förhindrar kontakt med vilda and- och vadarfåglar.

Alla medlemsstater i EU medverkar sedan 2002 i ett övervakningsprogram avseende fågelinfluensa på fjäderfä och vilda fåglar och som regleras av gemensamma EU-regler. Syftet med viltfågelövervakningen är att påvisa högpatogen H5N1 för att skydda fjäderfän från smitta. För övervakningen av fjäderfän är det främsta syftet att upptäcka milda varianter av influensavirus, innan de eventuellt muterar och blir aggressiva.