Följande sjukdomar måste beaktas som differentialdiagnoser till aviär influensa:

• Newcastlesjuka
• hönskolera
• infektiös laryngotrakeit (ILT) (se SVA)
• bakteriell infektion i kam och slör hos fåglar
• virusenterit hos anka
• akut förgiftning

Mindre allvarliga former av sjukdomen kan förväxlas med många andra sjukdomar med respiratoriska och/eller mag-tarmsymtom.