Vid afrikansk hästpest påverkas kärlendotelet i olika organ vilket resulterar i olika former av sjukdomen.

I lungformen skadas kärlen i lungorna, vilket resulterar i interlobulärt lungödem och hydrothorax. Vätska kan rinna från övre luftvägarna samt från snittytan på lungorna. Lymfknutorna, särskilt de i bröst- och bukhåla är ödematösa och förstorade.

Endo- och epikardiella blödningar ses vid hjärtformen. Hydroperikardium är vanligt.
De gelatinösa ödemen subkutant och intramuskulärt i huvud- hals- och bogregionen är slående.
I bägge formerna kan man i vissa fall se förändringar, ödem och blödningar, i mjälte, njurar, magsäck och tarmar, liksom ascites.

De obduktionsfynd som ses vid hästpest antyder att de flesta fallen i viss utsträckning är blandformer och att graden av hjärt- eller lungskada avgör sjukdomstypen.